南京大学医学院附属口腔医院中心实验室（南京市口腔医院中心实验室）筹建于1999年，2012年被评为南京市医学重点实验室，是医院的口腔临床及基础医学研究基地。承担国家自然科学基金，国家重点学科建设项目，江苏省重点学科建设项目，留学归国人员科技活动项目择优资助项目和南京市杰出青年基金等科研项目，2014年发表SCI论文40篇。
       实验室设有分子生物学、口腔微生物学、口腔材料学、干细胞生物学等分支实验室，拥有先进的仪器设备，可以进行各类口腔基础及部分临床研究项目并接受外单位联合培养研究生，主要的研究方向为口腔鳞癌表面标志物筛查及相关研究、牙周病与全身疾病的关系、 吸烟与口腔黏膜固有免疫及口腔黏膜癌前病变机制、口腔生物材料及生物力学、干细胞与颌面部组织再生等。
       中心实验室注重转化医学研究，强调从口腔临床难题出发凝练科学问题，把基础医学研究和临床疾病紧密结合起来。实验室管理人员均具有国内外博士后研究经历，目前实验室正吸收各方面的人才、资金，为本院口腔医学的发展提供科技支撑，为博士、硕士的培养及高水平科研成果的取得提供平台，为把实验室建设成为一个具备国际领先，国内一流的的科技领军人才团队、拥有先进科研设备和研究体系的的创新平台、具备充分竞争力和影响力的重要科学研究基地而努力。